Gobo Linux довольно сильно отличается от привычного большинства дистрибутивов GNU/Linux – он напрочь отрицает 
стандартную иерархию файловой системы, разработанную Free Standards Group, предлагая вместо нее другой подход, более сходный с OS X.
Помимо этого, но вследствие этого, применена своя система загрузки, не похожая ни на стиль System V, ни на BSD. Также используется собственная пакетная система, которая основана на том, что базой данных пакетной системы является файловая система.